FN-personal fanns ombord planet enligt obekräftade uppgifter skriver nyhetsbyrån AFP.
Flygplanet var på väg från staden Kisangani (före detta Stanleyville) till Bukavu, en stad vid landets östra gräns mot grannlandet Rwanda, berättar Reuters.
Kontakten med flygplanet bröts strax efter att piloten hade meddelat att de närmade sig Bukavu där det rådde svåra väderförhållanden.
OCHA:s representant säger till Reuters att de inte vet om planet landade på en annan flygplats och att sökarbetet startar vid soluppgången på tisdagsmorgonen.
Det verkar som att flygplanet inte har landat i någon av städerna Goma eller Bujumbura (huvustad i grannlandet Burundi), säger en anonym FN-källa till AFP.
Det försvunna Beechcraft-planet med plats för 19 passagerare ägs av Air Serv International, en hjälporganisation som tillhandahåller flygtransporter till humanitära insatser i hela världen.