Alla 187 personer ombord och 12 personer på marken omkom när flygplanet av typen Airbus A320 körde av landningsbanan, korsade en väg och kraschade i ett lagerhus.
Bland de åtalade finns en tidigare chef för landets luftfartsmyndighet och ansvariga vid flygplatsen och flygbolaget TAM. De är misstänkta för att ha brutit mot landets flygsäkerhetsregler och riskerar upp till sex år i fängelse, skriver Airwise på torsdagen.
Enligt polisen har flygbolaget och flygplatsen underlåtit att följa säkerhetsprotokollen.
Landningsbanan hade fått en ny beläggning och arbetet var inte ordentligt utfört.
Myndigheterna säger också att planet borde ha dirigerats till en annan flygplats eftersom det regnade kraftigt vid landningstillfället.
Tidigare undersökningar har visat att pilotens svårigheter att komma rätt på landningsbanan berodde på felaktiga kontrollsystem, men också på den mänskliga faktorn och otillräcklig träning, uppger Reuters.