Vilka som ska åtalas är ännu okänt och chefsåklagaren Petros Clerides har inte heller specificerat åtalspunkterna, skriver Airways på tisdagen.
- Det handlar om allvarliga, kanske de mest allvarliga, brotten i vårt rättssystem, säger åklagaren, enligt Reuters.
Det cypriotiska flygbolagets Boeing 737-300 var på väg från Larnaca till Prag när katastrofen inträffade den 14 augusti 2005. Innan kraschen flög planet flög på autopilot under två timmar i grekiskt luftrum. De flesta människorna ombord var medvetslösa när bränslet tog slut och planet kraschade mot ett berg, strax norr om den grekiska huvudstaden.
En syreventil var felaktig inställd och piloterna uppmärksammade inte larmsystemets varningar om att planets syre höll på att ta slut, säger en haveriutredning från 2006.
Utredningen pekar också på brister i flygbolagets säkerhetskultur. Efter olyckan bytte bolaget Helios Airways namn, och har sedan dess avvecklats, skriver Airwise.