Utsläppen av växthusgaser ska minska med 20 procent och energieffektiviteten ska öka med samma nivå, liksom de förnyelsebara energikällornas del av den totala energikonsumtionen.
Senast 2020 ska EU nå målen, som i fredags också godkändes av stats- och regeringscheferna.
Sedan EU-kommissionen introducerade förslaget i januari har det ändrats bland annat såtillvida att industrin nu får mer tid tills de behöver betala för utsläppsrätterna och att skärpta krav på nya bilar ska introduceras långsammare.
Inga förändringar gjordes angående flygets handel med utsläppsrätter, som ska påbörjas år 2012.