Flera av demonstranterna hade kedjat sig själva till staket som de burit ut på startbanan för upprätta en barrikad.
Fler än 50 flygningar, alla med flygbolaget Ryanair, fick ställas in.
Trafiken kunde återupptas igen omkring klockan 8.15 i morse.
Aktivisterna som tillhör gruppen "Plane Stupid" ville med morgonens aktion protestera mot flygplatsoperatören BAA:s expansionsplaner.
BAA har sökt planeringstillstånd för att bygga en andra start- och landningsbana och fick i oktober tillstånd att utöka flygtrafiken på Stansted med 10 procent, berättar Reuters.