Det nya avtalet höjer lönerna med 38 procent, högre än de 35 procent som medlemmarna tackade nej till förra månaden. Boeing vägrade dock att möta de strejkandes krav på att återställa den pensionsplan som togs bort för tio år sedan.
Under strejken har Boeing inte kunnat tillverka storsäljaren 737, 767 eller 777, som tillverkas vid monteringsfabrikerna i Seattle-området. Produktionen av widebodyn 787 Dreamliner har dock fortsatt, eftersom den tillverkas på en icke-facklig fabrik i South Carolina.
Boeing rapporterade en förlust på 6,1 miljarder dollar för tredje kvartalet. Analytiker från Bank of America uppskattade att Boeing förlorade cirka 50 miljoner dollar per dag under strejken.
Arbetarna kan återvända till att bygga flygplan från onsdag 6 november, sa International Association of Machinists and Aerospace Workers (IAM), även om Boeing har varnat för att vissa anställda kommer att behöva omskolas på grund av den långa tiden borta från fabriksgolvet.
Boeings vd Kelly Ortberg sa i ett meddelande till de anställda att han var nöjd med att ha nått en överenskommelse.